Przekroczenia rurociągiem przeszkód wodnych jest jednym z trudniejszych elementów budowy. Sposób wykonania operacji zależy od rodzaju i charakteru przeszkody. Projektowanie konstrukcji, technologii i organizacji robót poprzedza gruntowna analiza warunków hydrologicznych, hydrogeologicznych i topograficznych rejonu przekroczeń przeprowadzana przed rozpoczęciem robót.

Sposób wykonania przekroczenia jest ściśle uzależniony od rozpoznanych warunków.

Rurociągi należało ułożyć tak, aby zabezpieczyć je przed uszkodzeniami zewnętrznymi, wymywaniem przez nurt rzeki oraz zagwarantować stabilność ich położenia. Należało również zagwarantować bezawaryjną pracę rurociągu przy ewentualnej zmianie położenia koryta cieku bądź jego pogłębieniu.

Ważne było również aby budowa przekroczenia miała niewielki wpływ na środowisko naturalne, np. nie zostały zniszczone brzegi, naruszone wały przeciwpowodziowe. Ponadto prace budowlane nie mogły zakłócać żeglugi śródlądowej.

Należy mieć na uwadze, że w razie awarii naprawa odcinka gazociągu stanowiącego przekroczenie jest niezwykle skomplikowana technicznie, pracochłonna i bardzo kosztowna. Toteż zastosowane w trakcie budowy technologie i najwyższa jakość wykonania robót mają tu szczególne znaczenie.

Jedną z ciekawych metod układania przekroczenia, zastosowaną na budowie polskiego odcinka gazociągu jamalskiego, jest tzw. mikrotuneling.

Taką metodę z powodzeniem zastosowano w trakcie przekraczania gazociągiem Warty i Skrwy.

Polegała ona na wykonaniu (wywierceniu) mikrotunelu z rur osłonowych i następnie sukcesywnym wprowadzaniu do jego wnętrza rurociągu spawanego po jednej sztuce rury w komorze znajdującej się na brzegu.

Pozostałe przekroczenia rzek wykonano metodą ułożenia gazociągu w otwartym wykopie.

Prawdziwym osiągnięciem technicznym było przekroczenie Wisły. Wyjątkowość tej operacji polegała na wykonaniu wykopu otwartego w tak szerokiej rzece i wykonaniu przekroczenia jej rurociągiem o tak wielkiej średnicy (1400 mm). Dwie nitki podwodnego odcinka gazociągu (główna i rezerwowa) mają po 1300 m długości. Do tego dochodzą jeszcze dwa odcinki lądowe o długości ponad 2100 m.

O wielkości przekroczenia świadczy również zakres prac ziemnych. Z terenu budowy usunięto ok. 1,3 mln m³ ziemi, z czego 0,2 mln m³ (w tym głazy o ponad metrowej średnicy) wydobyto z koryta rzeki. Operacja przeciągnięcia przez rzekę i ułożeniu w wykopie w korycie rzeki tzw. “syfonu” (rurociągu o średnicy 1400 m z płaszczem betonowym o grubości ok. 18 cm) o łącznej masie ok. 5000 ton trwała ponad 30 godzin.

Realizacja tego zadania wymagała zastosowania specjalistycznego sprzętu do pracy w nurcie rzeki (pogłębiarki i koparki) oraz specjalistycznej technologii wciągania syfonu do podwodnego wykopu. W pracach brały udział też ekipy nurków i saperów.